I jutsu (Jutsu,lett. arte, abilità) nel manga sono delle tecniche utilizzate dai ninjaper gli scopi più disparati, ma che un normale essere umano non sarebbe in grado di compiere. Ogni tecnica utilizzata nel manga necessita di una certa quantità di chakra. Il chakra è la combinazione di Energia vitale presente in ogni cellula del corpo e di Energia spirituale, ovvero la forza di volontà acquisita con l'esperienza. Il chakra si distribuisce nel corpo attraverso un proprio sistema circolatorio che innerva ogni singola cellula, formato da piccoli flussi che attraversano il corpo. Il chakra esce all'esterno attraverso 361 punti di fuga, grandi come una capocchia di spillo. I punti di fuga si concentrano in particolari aree del corpo, dette Porte, che regolano lo scorrere dei principali flussi del chakra attraverso il corpo; in tutto ce ne sono otto. Aprendole attraverso alcune tecniche speciali ci si può spingere oltre i propri limiti fisici togliendo le inibizioni naturali del corpo, ma ciò può danneggiare gravemente l'organismo ed addirittura portare alla morte in caso di apertura dell'ultima porta. Il chakra viene incanalato per formare le tecniche grazie a particolari posizioni delle mani dette sigilli. Alcuni personaggi, come Haku o Uchiha Madara, non hanno bisogno di formare i sigilli per utilizzare delle tecniche. Le arti marziali non necessitano dell'uso di sigilli.

A seconda di come l'energia fisica e quella spirituale vengono miscelate, si possono formare vari tipi di chakra. Il prodotto più comune di questi è il chakra elementale, utilizzato per formare, appunto, tecniche elementali; la maggior parte dei ninja ha un'affinità naturale ad un elemento, tuttavia possono lo stesso creare altre tecniche differenti dal loro elemento base. Gli elementi fondamentali del manga sono cinque, ed ognuno viene nominato prima di una qualsiasi tecnica elementare: fuoco (Katon, Arte del fuoco), aria (Fūton, Arte del vento), fulmine (Raiton, Arte del fulmine), terra (Doton, Arte della terra) ed acqua (Suiton, Arte dell'acqua). Oltre questi cinque, Yamato cita quelli della luce e dell'oscurità (Yin e Yang), ma il loro significato non è stato ancora chiarito. Altri tipi di chakra sono il chakra curativo, utilizzato per curare le ferite ed il chakra del Segno maledetto di Orochimaru.

Oltre alla suddivisione per elemento, le tecniche si classificano in tre grandi categorie in base al tipo: arti magiche, illusorie e marziali. Nelle prime due viene utilizzato il chakra, mentre nelle arti marziali i due tipi di energia vengono convogliati direttamente nei muscoli corporei per potenziarli.

Le arti magiche (Ninjutsu) comprendono la maggior parte delle tecniche, che permettono all'utilizzatore di fare qualcosa che altrimenti non sarebbe capace di fare; la maggior parte delle volte per poter attivare e modellare il chakra necessario si utilizzano delle particolari posizioni delle mani, ognuna delle quali mostra un differente animale dello zodiaco cinese. In questo gruppo é incluso un sottogruppo: le tecniche di sigillo (Fūin jutsu), le quali sigillano qualcosa dentro oggetti o persone vive. La più comune applicazione di queste tecniche consiste nel sigillare armi o altri oggetti dentro rotoli di pergamena per portare comodamente un grande numero di oggetti. Un'altra tecnica particolare è la tecnica del Segno maledetto (Juin jutsu); questo è un particolare sigillo usato da Orochimaru per vari scopi, attivando varie trasformazioni al portatore del segno al fine di amplificarne la potenza. Il sigillo è ottenuto tramite un enzima presente nel corpo di Jūgo ed iniettato in un corpo da Orochimaru tramite il proprio morso; la persona che viene morsa muore nove volte su dieci a causa della potenza del sigillo.

Le arti illusorie (Genjutsu) a differenza delle precedenti, iniettano un flusso di chakra all'interno del sistema circolatori avversario in modo da disturbarlo creando delle illusioni. L'abilità nei genjutsu è tipica di alcuni clan, ed è spesso favorita dalle abilità innate. Per fermare il genjutsu basta bloccare con un metodo chiamato Cancella Genjutsu (Genjutsu Kai) il flusso di chakra del nemico attraverso il proprio; in caso fallisse, un forte dolore può sortire comunque l'effetto di dissipare il genjutsu. Un altro metodo per annullare la tecnica consiste nel farsi iniettare da altri il chakra necessario a contrastare quello nemico.

Le arti marziali (Taijutsu), infine, si riferiscono a qualsiasi tecnica che involva il combattimento corpo a corpo o l'ottimizzazione delle abilità naturali umane in generale. Il taijutsu è eseguito accedendo direttamente alla resistenza dell'utilizzatore, piuttosto che convertirla in chakra come per eseguire un ninjutsu o un genjutsu.

Altre tecniche sono di classificazione meno chiara:

• Le arti eremitiche (senjutsu) sono tecniche che usano un chakra speciale ottenuto, oltre che dall'energia mentale e fisica, anche assorbendo del chakra dalle forme di vita circostanti, detto chakra naturale. Questo chakra ha caratteristiche proprie e particolari, per esempio se non viene controllato trasforma l'utilizzatore in un rospo di pietra, ma viene perlopiù usato per creare versioni più potenti di altre arti marziali o magiche.
• Le nintaijutsu sono tecniche che combinano arti marziali e arti magiche, utilizzando una tecnica di fulmine per aumentare la forza e la velocitá dell'utilizzatore.