Zabuza ed Haku

Durante l'inizio della storia, quando al Team 7 è stata affidata la loro prima missione di Livello C (che poi si rivelerà essere in realtà una missione di Livello B) per scortare il costruttore di ponti Tazuna, affronteranno due ninja di alto livello del Villaggio della Nebbia: Zabuza Momochi ed Haku. Questi due ninja hanno la possibilità di usare a loro favore la nebbia, sia per attaccare di sorpresa, sia per difendersi. Zabuza come arma usa la Spada "Taglia Teste" mentre Haku usa dei senbon (spiedi).

I ninja del Villaggio del Suono

Durante gli esami di selezione dei chunin, i membri del team 7 si scontrano a più riprese con due team di ninja del villaggio del Suono, il team del Suono (composto da Abumi Zaku, Kinuta Dosu e Tsuchi Kin) ed il team Yakushi (formato da Kabuto Yakushi, Yoroi Akado e Misumi Tsurugi). Capo di questi ninja é Orochimaru, un ninja traditore che é interessato al corpo di Sasuke Uchiha. In seguito Kabuto Yakushi mostra di non essere solo un semplice Genin del Villaggio del Suono, ma il ninja più fidato di Orochimaru.

Il Quartetto del Suono e Kimimaro

Kimimaro Kaguya era un fedele servo di Orochimaru, che un tempo faceva parte del "Quintetto del Suono". Se ne andò dal team poiché era molto malato ed il suo maestro, Kabuto, utilizzando tutte le arti mediche a disposizione, non era riuscito a curarlo.

Il Quartetto del Suono è un team speciale di ninja del Villaggio del Suono composto da Jirobo, Kidomaru, Sakon e Tayuya, originariamente capitanati da Kimimaro. Questi ninja utilizzano tutti tecniche segrete in combattimento e sono in grado di ricorrere al segno maledetto di primo e di secondo livello.

L'Organizzazione Alba

Alba è un'organizzazione criminale composta da ninja traditori di livello S, fra cui anche Itachi, il fratello di Sasuke, ed in seguito anche Sasuke stesso. Si parla di questa organizzazione giá nella prima serie, ma dalla seconda serie in poi il centro della storia sarà proprio la lotta contro di loro. Danno la caccia a tutte le forze portanti, fra cui Gaara, Naruto e Killer Bee.

I membri dell'organizzazione lavorano in coppie: Hidan e Kakuzu, Itachi e Kisame Hoshigaki, Pain e Konan, Sasori e Deidara (in seguito Sasori verrá sostituito da Tobi). L'unico ad andare in missione da solo è Zetsu. Un tempo anche Orochimaru faceva parte dell'organizzazione, ma in seguito li tradí in quanto era solo interessato al corpo di Itachi.