Le armi più utilizzate in Naruto sono i kunai, gli shuriken, i senbon e le katana. I kunai vengono di solito utilizzati dagli shinobi soprattutto come arma da lancio per colpire un avversario a distanza, ma spesso anche per contrattaccare e per difendersi. Gli shuriken invece possono essere di varie forme e dimensioni. I più piccoli sono utili per colpire l'avversario a grandi distanze, mentre quelli più grandi (come lo Shuriken del Vento Demoniaco), possono anche essere usati per uccidere il nemico. I senbon sono dei piccoli spiedi, utilizzati per la prima volta da Haku, utili per penetrare l'avversario, arrecandogli danni di medie dimensioni. La katana infine è una spada lunga giapponese che è utilizzata spesso per trafiggere il nemico o ferirlo mortalmente. È un'arma prerogativa della squadra ANBU e dei ninja di alto livello.