Le abilità innate (Kekkei genkai) sono delle capacità esclusive trasmesse geneticamente in uno specifico clan, che non possono essere imitate o duplicate da altri non appartenenti alla stessa famiglia, benché sia possibile ottenere tali abilità con la manipolazione genetica o il trapianto di organi. Le abilità innate sono spesso vantaggiose, e sono impiegate dai ninja per aumentare le proprie chance di vittoria in battaglia, in combattimento o in guerra.