Organizzazione Alba

Ognuno dei membri porta un anello, uno dei quali è rimasto ad Orochimaru mentre quello di Sasori è passato a Tobi. Ognuno degli anelli ha sopra inciso un kanji, ognuno con un diverso significato e sono:Alba (Akatsuki) è un'organizzazione criminale comparsa per la prima volta nell'episodio 81 e divenuta nella seconda serie il principale nemico dei protagonisti. L'Organizzazione Alba è composta dai più potenti ninja che hanno tradito i loro villaggi. All'inizio, i suoi membri erano dieci, ma Orochimaru, prima dell'inizio della prima serie della storia, abbandonò il gruppo mentre Sasori, Kakuzu, Itachi Uchiha ed Hidan sono stati uccisi, Deidara si è sacrificato cercando di uccidere Sasuke e Pain si è sacrificato per riportare in vita gli abitanti della Foglia uccisi da lui stesso, Konan ha disertato come Orochimaru e Kisame si è suicidato. Un nuovo elemento, Tobi, ha poi sostituito Sasori e in seguito anche il Team Taka di Sasuke. Il loro scopo è quello di impadronirsi del mondo, scatenando guerre tra i villaggi, utilizzando i cercoteriper creare un Jutsu capace di distruggere un intero Paese. Al momento l'organizzazione è in possesso di sette demoni: il Tasso ad Una Coda, il Gatto a Due Code, la Tartaruga a Tre Code ed il Gorilla a Quattro Code. Prima di prendere Shukaku, inoltre, Deidara rivela a Naruto che i suoi compagni ne hanno presi altri due e quando Sasuke si allea con l'organizzazione, Tobi lo informa che gli mancano solo l'Ottocode e la Volpe a Nove Code, per un totale di sette demoni.

Altre organizzazioni

Oltre ad Alba, all'interno dei vari villaggi sono nate diverse organizzazioni speciali, orientate soprattutto alla protezione del villaggio o al mantenimento dell'ordine pubblico. Una di queste è la Squadra Speciale ANBU ( lett. lato oscuro). Il nome è l'abbreviazione perAnsatsu Senjutsu Tokushu Butai ( lett. Forza Tattica Militare Speciale di Assassinio). La squadra protegge il Villaggio nelle situazioni eccezionali, portando a termine missioni ad alto rischio in paesi nemici ed affrontando anche ninja di livello S. Sono anche responsabili delle richieste di assassinio e delle missioni per cui sono richiesti ninja particolarmente abili. Una parte dei ninja di questa organizzazione, i ninja inseguitori (oinin) si occupa di catturare i ninja traditori (nukenin). Il loro scopo è uccidere l'obiettivo, distruggendocompletamente il suo corpo per evitare che altri villaggi vengano a conoscenza delle tecniche segrete e delle abilità innate che il ninja traditore possedeva.
Molti anni prima dell'inizio della serie esisteva una sottosezione della Squadra Speciale ANBU chiamata Radice (Ne), creata e direttamente controllata da tale Danzo. Nonostante essa fu sciolta, poiché in contrasto con le opinioni del Terzo Hokage, molti membri rimasero leali al gruppo.
Prima della distruzione del clan Uchiha esisteva a Konoha una sorta di forza dell'ordine, chiamata Polizia della Foglia,con il compito di far rispettare la legge all'interno del Villaggio. I Poliziotti della Foglia avevano una giurisdizione illimitata, tranne che per i campi sotto il controllo diretto dell'Hokage e della Squadra Speciale ANBU. È molto probabile che, essendo la Polizia della Foglia unicamente composta da membri del clan Uchiha, in seguito allo sterminio del clan l'organizzazione si sia dissolta. Il loro simbolo è formato da uno shuriken gigante, con sopra inciso il simbolo degli Uchiha, un ventaglio. La Grande Alleanza Ninja è una potente alleanza costituita da vari paesi ninja, con lo scopo di sconfiggere l'Organizzazione Alba.