I Ninja traditori (Nukenin) sono degli elementi che hanno abbandonato il loro Villaggio e sono classificati, secondo la loro forza, da D a S (Itachi Uchiha e Kisame Hoshigaki, ad esempio, sono Nukenin di rango S). Alcuni di essi, in particolare i membri di Alba, mantengono il coprifronte del villaggio d'origine, ma segnandolo profondamente con un taglio, ad indicare il ripudio della madre patria. Vengono, di solito, braccati dai ninja inseguitori.